Genel Sekreterlik Ajansın icra organıdır. Genel Sekreterlik bünyesinde Yönetim Kuruluna karşı sorumlu olan Genel Sekreter ve Genel Sekreterin maiyetinde çalışan uzmanlar ve destek personeli bulunmaktadır.

Genel Sekreterin Görev ve Yetkileri

• a) Yönetim kurulu kararlarını uygulamak,
• b) Yıllık çalışma programı ile bütçeyi hazırlamak ve yönetim kuruluna sunmak,
• c) Ajans gelirlerini toplamak, 5449 sayılı Kalkınma Ajanslarının Kuruluşu, Koordinasyonu ve Görevleri Hakkında Kanunun 4 üncü maddesine göre belirlenen usul ve esaslar ile ilgili diğer mevzuata ve bütçe ve yönetim kurulu kararlarına uygun olarak harcamaları yapmak,
• ç) Yönetim kurulu tarafından tespit edilecek sınırlar içerisinde, taşıt dışındaki taşınır malların alımına, satımına, kiralanmasına ve hizmet alımına karar vermek,
• d) Bölgedeki kişi, kurum ve kuruluşların proje üretme ve uygulama kapasitesini geliştirici faaliyetlerde bulunmak,
• e) Özel kesim, sivil toplum kuruluşları ve yerel yönetimlerin proje ve faaliyet tekliflerini değerlendirerek, malî destek sağlamak üzere yönetim kuruluna öneri götürmek,
• f) Desteklenen proje ve faaliyetleri izlemek, değerlendirmek, denetlemek ve raporlamak,
• g) Bölgesel kalkınmayla ilgili yurt içindeki ve dışındaki ajans ve kuruluşlarla işbirliği yapmak ve ortak projeler geliştirmek,
• ğ) Yerel yönetimlerin plânlama çalışmalarına teknik destek sağlamak,
• h) Personelin performans ölçütlerini belirlemek ve performansını değerlendirmek,
• ı) Personelin işe alınması ve işine son verilmesini yönetim kuruluna teklif etmek,
• i) Ajans genel sekreterliğini temsilen, bölgesel gelişme ile ilgili ulusal ve uluslararası toplantılara katılmak ve yurt dışı temaslarda bulunmak,
• j) Ajansın sekreterya işlerini ve görev alanına giren diğer hizmetleri yürütmek,
• k) Yönetim kurulunun devrettiği yetkileri kullanmak,
• l) Yönetim kurulu toplantılarına katılmak,
• m) Program, proje ve faaliyetlerin desteklenmesi ile kişi ve kuruluşlara yapılacak yardımlara ilişkin olarak yönetim kuruluna teklif sunmak,
• n) Bütçe sonuçlarını bütçe döneminin bitiminden sonraki Mart ayı içinde yönetim kuruluna sunmak,
• o) Ajansın faaliyetleri, hesapları, işlemleri ve performansını denetlemek ve kalkınma kuruluna ve yönetim kuruluna iç denetim raporu sunmak.